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En el piso basal aparece el bosque mediterráneo, con la encina como especie dominante. Se trata de un bosque acostumbrado a temperaturas suaves y largas sequías. Sólo en las zonas más secas aparece una vegetación esteparia. Es una zona muy explotada, en la que la mayor parte de las superficie se dedica a la agricultura. En Jaén y Córdoba la cubierta arbolada autóctona prácticamente ha desaparecido para dar paso a inmensas explotaciones de olivo. En Huelva se ha introducido con fuerza el eucalipto.
El piso montano está dominado por el roble y las encinas en las cumbres calizas. Es, también, zona muy explotada, en la que el alcornoque predomina en las explotaciones.
El piso subalpino aparecen diversa especies de pino: alepo, negral, laricio, mugo, que en algunas ocasiones son pinos de repoblación. En las partes más alta aparece la sabina.
El piso alpino está dominado por la pradera, con especies como piorno, genista y diferentes tipos de gramíneas.
El bosque de ribera es importantísimo, sobre todo en el centro de la región. Encontramos olmos, chopos y fresnos, pero ha sufrido muy intensamente la presión antrópica y prácticamente ha desaparecido, sustituido por explotaciones madereras de crecimiento rápido, como los chopos de repoblación. Las zonas pantanosas y encharcadas la vegetación hidrófila, como las jaras, el carrizo, los tajares y las espadañas dominan el paisaje.
La sustitución del bosque por especies productivas ha transformado totalmente el paisaje y hoy aparece desarbolado, o bien con grandes extensiones de olivo alineadas. En las grandes propiedades el bosque aparece adehesado. La dehesa es un modo de explotación del bosque en el que se arrancan las especies competidoras de aquellas que explotamos agrícolamente. Aparece, así, el estrato arbóreo, con encinas, alcornoques y olivos, y el prado, con hierba para que paste el ganado. También se intercalan explotaciones agrícolas. Se trata de un sistema de explotación que se remonta, al menos, a la época romana. En las zonas más degradadas predomina el matorral.
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