Los portugueses no manifestaron mucho interés por las regiones de Africa del Sur excepto por la aguada de S. Brás donde los barcos de la "Carreira da India" se reabastecían. Sin embargo su atención se dirigía hacia el litoral de Africa Oriental. Este comenzó a ser conocido desde el primer viaje de Vasco da Gama a India. Su armada recorrió a la ida y a la vuelta varios puntos del litoral localizados entre Natal y Mogadiscio. A la entrada del mar Rojo, la costa entre Mogadiscio y Berbera, fue explorada por primera vez por Diogo Dias en 1500, después de que su barco se separara de la armada de Pedro Alvares Cabral. Desde los primeros años del siglo XVI se ocuparon varios puntos estratégicos junto a la costa africana. La isla de Mozambique era un punto de encuentro para los barcos que se habían desviado de su ruta, pudiendo asimismo abastecerse y repararse, además de esperar los Monzones que eran necesarios para llegar a la India. En 1558 se comenzó a construir el gran fuerte de Sao Sebastiao, mucho más poderoso que el anterior. Permitió a los portugueses resistir el ataque de los holandeses de 1607 y 1608 que pretendían ocuparlo. Por ello se decidieron más tarde a fundar la Ciudad del Cabo, coincidiendo con un proyecto portugués presentado por Juan Pereira Dantas (1556), que no había sido apoyado por las autoridades portuguesas. De Goa venía periódicamente un barco a buscar oro y marfil. El 21 de septiembre de 1505 los portugueses al mando de Pedro de Anaia, comenzaron a construir un fuerte en Sofala destinado a asegurar el comercio de oro procedente de Monomotapa (Zimbawe). Entre 1511 y 1514, Antonio Fernandes visitó las regiones del interior donde se hallaban las minas de oro de este reino, entabló buenas relaciones con sus habitantes y recogió mucha información que fue enviada a Portugal. A principios del siglo XVI el oro llegaba en cantidades considerables a Sofala pero más tarde empezó a disminuir, debido a la influencia de los musulmanes que lo desviaban hacia el norte. A partir de 1531 los portugueses comenzaron a instalar factorías en Tete, Sena y Quelimane, para acceder mejor a las minas de oro. A finales del siglo XVI se enviaba una media anual de casi media tonelada de oro a la India. En la región de los ríos de Kuama (valle del Zambeze) se establecieron a finales del siglo XVI los "prazos da Croa" (plazos de la corona) como forma de arrendamiento de tierras a particulares. Hacia el sur sólo frecuentaban esporádicamente la bahía que Lorenzo Marques exploró en 1544 y que durante mucho tiempo mantuvo su nombre. Al norte de Mozambique los portugueses establecieron relaciones con las poblaciones locales, principalmente desde la ciudad de Melinde, con la que había una relación de gran amistad desde la llegada de Vasco da Gama (1498). Kiloa y Mombasa sólo fueron ocupadas durante cortos períodos, por la fuerza de las armas. En 1505 se construyó un fuerte en Kiloa, que fue abandonado en 1512. En 1593 se construye en Mombasa el fuerte de Jesús, que fue tomado por los suahilis en 1729.

Etiopía:
Las relaciones comerciales que establecieron los portugueses con las poblaciones del Africa Oriental estaban coordinadas con las de la India. Los intercambios principales se centraron en el comercio de marfil, oro, esclavos y tejidos. La presencia islámica en la zona era un hecho. Habían penetrado en la región que los portugueses denominaban Etiopía-a-Alta o Abásia (Abisinia). Era el famoso reino de Preste Juan, del que circulaban versiones contradictorias en Europa. La misión que encabezaba Rodrigo de Lima (1520-1526) proporcionó muchos datos que aparecen en la obra del sacerdote Francisco Alvares (Verdadeira Informaçao das Terras do Preste Juan. Lisboa 1540), que iba como capellán de la misión. La intervención en Etiopía se acentuó en 1541, cuando se constató la debilidad y pobreza del estado, incapaz de resistir el expansionismo turco. Una expedición de 400 portugueses bajo el mando de Cristovao da Gama impidió ese año que los turcos conquistaran Etiopía. Algunos de los que sobrevivieron decidieron quedarse en Etiopía, donde ejercieron una influencia considerable. La campaña de 1541 fue descrita detalladamente por Miguel de Castanhoso en una "Historia das Cousas que o Mui Esforçado Capitao D. Cristóvao da Gama Fez nos Reinos de Preste Juan (...), impreso en Lisboa en 1564. Su autor, que participó en los acontecimientos que describe, fue recomendado a D. Juan III en una carta de 1544 del emperador Galawdewus. Algunos sacerdotes jesuitas que fueron a Etiopía a partir de 1557, intentaron sin éxito (excepto en cortos períodos de tiempo) hacer que la iglesia abisinia dependiese de Roma. Los etíopes siguieron practicando un cristianismo monofisita bajo la influencia de Alejandría. Después de unas relaciones relativamente tolerantes en los primeros tiempos, el endurecimiento de posiciones dogmáticas de acuerdo con las normas de la Contrareforma, llevaron a una ruptura de las relaciones con Portugal y a la expulsión de los sacerdotes portugueses en 1634.