La ocupación parcial de la zona fue casi contemporánea de la conquista de las grandes islas. Tanto portugueses como españoles lograron asegurarse bases comerciales y militares desde Orán a la Mina. Santa Cruz de Mar pequeña había sido fundada para servir de protección a las actividades comerciales. La modalidad de comercio pacífico daba a menudo malos resultados. La posibilidad de caer prisionero era considerable. La actitud de ambas partes aumentaba las desconfianzas y el establecimiento de relaciones normales se hacía cada vez más difícil.
Portugal defiende sus derechos exclusivos:
Las expediciones a la costa de Africa tropezaban con la vigilancia y la oposición enconada de los portugueses. La corona de Portugal había obtenido el reconocimiento por tratado de sus derechos exclusivos sobre la zona. Los conflictos de jurisdicción fueron frecuentes desde el siglo XV. Los intereses encontrados de las dos naciones fueron causa de continuas desavenencias, represalias y pleitos. En 1564 el rey de Portugal consiguió la licencia del rey de España para delegar en el licenciado Esquivel la función de juez de todas las expediciones canarias a Berbería y Guinea.
Comercio de esclavos:
La organización de las cabalgadas que hasta entonces había sido relativamente libre, aún empeoró cuando una real cédula de 14 de febrero de 1572 prohibió definitivamente las incursiones y cerró la puerta del mercado de esclavos magrebí. El principal aliciente del comercio africano era el esclavo. El tráfico de esclavos fue muy activo en Canarias, con Berbería, con Guinea y más tarde, en colaboración con los portugueses, en Angola. El principio de la cabalgada contra los moros no sólo había quedado legalmente admitido, sino que fue estimulado y en cierto modo subvencionado, por haber abandonado la corona a los habitantes de Tenerife e derecho del quinto, que tenía sobre todas las presas.
Consecuencias de las incursiones violentas desde Canarias:
El balance de las penetraciones violentas canarias es desastroso a pesar de que representó ciertas ventajas momentáneas e individuales. Las rapiñas africanas que provocaron la reacción mora causó la pobreza y el estado de abandono histórico de Lanzarote y Fuerteventura, las víctimas preferidas de las invasiones. Mientras hubo en ellas esclavos moros, huyeron los vecinos, para evitar la promiscuidad y la contaminación, y cuando se invirtió el sentido de las incursiones, la población cristiana se vio diezmada. La necesaria convivencia con el continente vecino se mantuvo bajo condiciones precarias, cuando no angustiosas. Los asaltos con base en Canarias sirvieron como modelo a la piratería inglesa, que realizó su aprendizaje en íntima colaboración con piratas canarios.

Algunos refugiados franceses de los hugonotes desterrados por Luis XIV, propusieron poblar y defender el fuerte de Santa Cruz de Mar Pequeña. El proyecto fue rechazado por el gobierno de Madrid quizás por su condición de herejes.

Incursiones de la piratería morisca en Canarias:
Se da una gran actividad de la piratería morisca durante la segunda mitad del siglo XVI,que asolaron prácticamente a la isla de Lanzarote y ocasionaron grandes daños en las demás. A lo largo del siglo siguiente la amenaza se instaló con carácter permanente. Los piratas moriscos entraban casi todos los años en aguas canarias, detenían a los pescadores, atacaban los navíos, ejecutaban rápidos desembarcos e incursiones en las islas. Los cautivos canarios en Africa llegaron a ser numerosos. Como las condiciones de vida no eran muy diferentes, y las perspectivas de libertad eran pocas, muchos se quedaron, y algunos renegaron de su fe. El vecindario de Santa Cruz fue uno de los que mayor tributo de sangre pagó a Africa musulmana. La piratería turcoberberisca no demostró al principio ningún interés por las islas. Había empezado en el Mediterráneo con el siglo XV; había tenido en aguas españolas épocas de intensa actividad, por ejemplo en 1528-1534 o en 1549-1550, con lo cual había obligado al gobierno y a las ciudades a una rápida organización de las defensas en las costas de Andalucía y Levante; pero durante esta época no se había dejado ver en Canarias. Sin embargo las frecuentes incursiones de los canarios en las costas de Africa, con las armadas o los navíos aislados que surgían de repente para cargar esclavos capturados rápidamente dentro de la población, fueron causa de que "estas numerosas naciones se vieron como precisadas a ser también agresoras". La primera expedición morisca, que tiene evidente carácter de represalia, fue la del corsario Calafat: con sus diez galeras descargó sobre la isla de Lanzarote el 22 de septiembre de 1569, asoló la isla durante un mes, y volvió con más de 200 esclavos hechos entre los habitantes de los lugares. La importancia del ataque, el mayor que hasta entonces habían sufrido las islas, unido al efecto de la sorpresa, sacudió a los isleños y fue el origen de una penosa, pero lenta, toma de conciencia. En el momento en que se tuvo noticia del desembarco de los moros, los dos cabildos de Gran Canaria y de Tenerife mandaron socorros, que contribuyeron a precipitar la salida de Calafat. Sin embargo, las incursiones volvieron a producirse en los años siguientes. El primer desastre había sido de tal envergadura, que en adelante se acecharían con verdadera ansiedad las noticias de la costa africana: incluso parece que en determinadas circunstancias el temor va más allá de la realidad, que ya de sí era bastante temible. En 1570, el gobernador Gante del Campo ordena que se haga cabildo de guerra cada miércoles, porque se sabe que se están aprestando navíos berberiscos; pero aquel año no aparecieron en las aguas canarias. Volvieron en septiembre de 1571, con siete galeras conducidas por el pirata Dogalí, apodado el Turquillo; volvieron a ocupar Lanzarote durante tres semanas y se llevaron otra vez un centenar de esclavos, entre los pocos habitantes que quedaban en la isla. El cabildo de Tenerife había tenido aviso de las dos expediciones, con suficiente antelación. En ambos casos, se habían tomado las medidas que se estilaban en caso de rebato: la más significativa de estas disposiciones, fue rogar oficialmente al cuarto Adelantado, don Alonso Luis Fernández de Lugo, para que suspendiese la expedición de rescate que tenía preparada para Berbería. La armada esperó, efectivamente, hasta el verano siguiente. Fue la última expedición autorizada, ya que el mismo año de 1572 se prohibieron las entradas en Berbería, por orden del rey. La ofensiva canaria se había transformado definitivamente en defensiva. Hubo varias alarmas más, por haberse recibido aviso de preparativos berberiscos, en 1572, 1573 y 1579. Hubo también más invasiones, todavía más feroces y más asoladoras que las anteriores, y que acabaron prácticamente con la economía, si no con la población de las dos islas orientales, la de Lanzarote en 1586 y 1618, la de Fuerteventura en 1594. En todas estas expediciones, nunca llegaron los moros hasta Tenerife, sin duda por los peligros que representaba para los atacantes la navegación interior. En cambio llegaron a La Palma, en 1618; pero se retiraron sin atreverse a intentar un desembarco, porque sabían que la isla estaba bien guardada. Desde el punto de vista tinerfeño y santacrucero, estas incursiones se traducían en peligros y temores y, con motivo de los correspondientes rebatos, en un aumento sensible de las actividades relacionadas con el armamento y las fortificaciones. Andando el tiempo el atrevimiento de los piratas moriscos y argelinos iría creciendo. En la primera mitad del siglo XVII, la presión no había cedido; por el contrario, es frecuente la presencia de navíos enemigos en las aguas de Santa Cruz. En 1634, dos navíos de piratas moros llegan a la vista del puerto. Por orden del capitán general, salió a su encuentro el capitán Juan de Ayala, con una pequeña armada improvisada a base de navíos escogidos entre los que esperaban en el puerto: abordó la almiranta de los moros, que le ocasionó algunos desperfectos, pero pudo obligarles a abandonar su acecho. En 1641 hubo otro corsario, todavía más atrevido, que entró calladamente en el puerto y robó una barca de pesca. Dos años más tarde, otros moros capturaron a la mujer y a la hija de Juan Abarca, vecino de San Andrés, mientras venían tranquilamente de este lugar a Santa Cruz. Otros cautivos habían sido apresados en 1647 "junto al puerto de Santa Cruz", sin que sepamos exactamente en qué circunstancias. En la segunda mitad del siglo XVII aun no han cesado los ataques y las incursiones, que proceden ahora exclusivamente de los piratas argelinos. El 26 de noviembre de 1656, un navío que había salido de Santa Cruz con 96 personas a bordo, había sido apresado por los "turcos" a la vista del puerto. El capitán general Alonso Dávila y Guzmán tocó a rebato, y buscó él mismo en Santa Cruz a los oficiales y gente de guerra, yendo a casa de algunos de ellos, para organizar rápidamente una expedición de rescate; pero sólo logró reunir cinco personas; así, no se pudo hacer nada y los piratas llevaron a sus cautivos a Argel. El 16 de agosto de 1672 hubo una especie de batalla en la misma costa de Tenerife, no muy lejos del puerto, con ciertos piratas argelinos. En 1676, dos bajeles de Argel vinieron a situarse frente a la entrada del puerto, de tal manera que no se podía entrar ni salir sin caer en sus manos: situación tanto o más penosa para los habitantes, que era aquella una época de grandes escaseces y se estaba esperando la llegada del trigo de fuera. Además los piratas burlaban de este modo la vigilancia de los castillos, porque acechaban fuera del alcance de sus cañones y, por otra parte, sabían que la isla era demasiado pobre para ofrecerse los servicios de un guardacostas. Se había vuelto a los tiempos del siglo anterior, en que era preciso mandar desde la ciudad las tropas de protección: una compañía de cien hombres baja al puerto todos los días "por allarse despoblado y todo lo más de la vecindad en Argel". En realidad se había vuelto todavía más lejos en el tiempo, a la época anterior a la conquista, en que la mejor mercancía que podían ofrecer las islas eran los esclavos.(Cioranescu)

Situación del comercio marítimo y pesca (1698):
Mucha más constante protección requería el preciocísimo ramo de la industria canaria; quiero decir, la antigua pesca de la costa de Berbería, que, siendo casi de primera necesidad para la subsistencia de los isleños, pudiera ser un manantial de su riqueza y ceder en grande utilidad de toda la nación. Pero esta industria, nunca bastantemente alabada, había estado siempre como abandonada al cuidado y economía de los mismos pobres pescadores que, sin otra providencia que la del cielo, se vieron muchas veces insultados de los piratas y esclavos de los moros. Había algunos años que los capitanes generales Nieto, Varona, y Eril trataban de dar a la pesca protección y seguridad. Una fragata guardacostas parecía el medio más oportuno para que, convoyando los barcos, los pusiese al abrigo; pero se veían obligados a desistir, no encontrando fondos suficientes para el gasto. A los principios del mando del conde del Palmar, quiso la corte tomar conocimiento de este asunto. Se esperaba que contribuyese a la deseada protección. Sin embargo todo se redujo a despachar una real cédula [1698], por la que se mandaba que las islas armasen de su cuenta aquel guardacostas. Las islas estaban demasiado extenuadas para hacer semejante esfuerzo; y la pesca, libre ya de los armadores franceses por la paz de Ryswick, continuó como pudo sin convoy. Al mismo tiempo se movían todas las posibles agencias, para renovar el comercio de vinos con las islas Barbadas, otro ramo seco de la subsistencia del país. El mismo conde del Palmar, como regidor de Tenerife, acompañado de los licenciados don Juan de la Torre y don Francisco Ferraz de Caraveo, celebérrimo jurisconsulto que honraba las Canarias y era oráculo de las leyes en Madrid, había impreso en esta corte dos memoriales al rey sobre aquella materia. El rey había mandado a su embajador y cónsul general en Londres se interesasen por las islas. Pero los ingleses sólo estudiaban el modo de sacar clandestinamente la poca moneda que de América llegaba a las Canarias, por más vigilancia que se pusiese para impedirlo. Este comercio de la América, siempre precario para nuestras islas y siempre limitado a frutos, puertos y tiempos, a número, peso y medida, se acababa de prorrogar por algunos pocos años, con la carga de transportar familias a la isla española y el impuesto de diez y siete reales y medio por tonelada, destinados para el seminario de San Telmo de Sevilla. Es verdad que se concedían diez plazas perpetuas a otros tantos jóvenes canarios que quisiesen ir a estudiar allí náutica y pilotaje. Pero esta transmigración era costosa, y las islas no hubieron menester el seminario de Sevilla para producir los más excelentes pilotos y los escritores más acreditados del arte. (Viera y Clavijo)