La batalla de Lepanto (7 de octubre de 1571):
La armada aliada estaba formada por 70 galeras españolas (sumadas las propiamente hispanas con las de Nápoles, Sicilia, y Génova), 9 de Malta, 12 del Papado y 140 venecianas. La flota estaba confiada teóricamente a Juan de Austria y dirigida efectivamente por jefes experimentados como Gian Andrea Doria y los catalanes Juan de Cardona y Luis de Requesens. Marco Antonio Colonna, condestable de Nápoles y vasallo de España, era el almirante del papa. Las naves venecianas estaban al mando de Sebastián Veniero.

La desconfianza hacia los venecianos era tal que don Juan repartió 4.000 de los mejores soldados españoles en las galeras de la Señoría e hizo que éstas navegasen entreveradas con las de España. La Sublime Puerta lanzó un ataque a fondo contra Famagusta, último reducto de los venecianos en Chipre. Fuerzas turcas se apoderaron de Dulcino, Budua y Antivari, e incluso llegaron a amenazar la plaza de Zara.

Don Juan de Austria constituyó una batalla central de 60 galeras en las que iban Colonna y Veniero con sus naves capitanas, flanqueada por otras batallas menores al mando de Andrea Doria, Alvaro Bazán y al veneciano Agustín Barbarigo. A Cardona se le dio una flotilla exploradora en vanguardia. A bordo iban cuatro tercios españoles de Lope de Figueroa, Pedro de Padilla, Diego Enríquez y Miguel Moncada. La infantería italiana era también de gran calidad. El 29 de septiembre abordo a la capitana de don Juan una fragata de Gil de Andrade con el anuncio de que los turcos esperaban en el golfo de Lepanto. Bazán aconsejaba entrar en el golfo y Andrea Doria temía aventurarlo todo en una jornada. La maniobra ordenada permitió cerrar el golfo y dio tiempo a una perfecta ordenación de la armada. El Almirante Alí Bajá concentró el esfuerzo sobre las galeras venecianas, que suponía menos aguerridas. El primer ataque turco fue neutralizado por Barbarigo, que fue herido de muerte. El consejo de don García de Toledo de recortar los espolones hizo más eficaz el empleo de la artillería. La Las bajas causadas por la arcabucería española fue decisiva en el combate cuerpo a cuerpo. En muchas de las galeras turcas los cautivos cristianos se rebelaron en lo más recio del combate. Fue un galeote cristiano quien cortó la cabeza del almirante Alí con su hacha de abordaje. Sólo 50 de las 300 naves turcas pudieron escapar.

Carácter decisivo de la victoria y consecuencias:
Es sabido lo laboriosa que fue la preparación de la cristiandad para enfrentarse de una forma decidida con el peligro turco. El único hombre que vio clara la situación desde el primer momento fue el papa Pío V. Incluso Felipe II, que tan amenazadas veía sus posesiones peninsulares por el enemigo, tardó mucho en convencerse de la necesidad de afrontar el peligro de frente y de asestar un golpe definitivo a los turcos. Sin embargo, y a pesar de todas las dificultades surgidas, el 7 de octubre de 1571 se dio la batalla de Lepanto, batalla que aparentemente fue una victoria total para los miembros de la Liga Santa. Sin embargo el carácter definitivo de la victoria cristiana ha sido discutido por muchos historiadores.

Pocas veces, si alguna, en la historia de los tiempos modernos, los frutos de una bella victoria han sido más vergonzosamente desperdiciados.(Merriman)

Aplazamientos, desconfianzas entre los aliados y la muerte del papa San Pío V provocaron la malversación del triunfo de Lepanto. Felipe II se sentía temeroso de un nuevo afianzamiento de la alianza francoturca; los venecianos se hallaban dispuestos, al cabo de cierto tiempo, a hacer una paz separada: si no hubiese sido por el entusiasmo de Don Juan de Austria, la Liga se habría deshecho... Pero las desconfianzas de Felipe -sus celos- hacia Don Juan de Austria, sus lentitudes características, dieron por resultado, al cabo de pocos meses, la caída de Túnez y la Goleta en poder de los turcos (1574). Así quedaba desvanecida la gloria de Lepanto. (Soldevila)

La victoria de Lepanto abría la puerta a las mayores esperanzas. Sin embargo, de momento, no trajo consigo ninguna clase de consecuencias. La flota aliada no persiguió al enemigo en derrrota, por diversas razones: sus propias pérdidas y el mal tiempo, a quien el imperio turco, desconcertado, debió tal vez su salvación. En este sentido, fue fatal la larga demora española del verano de 1571, pues, al colocar a los aliados victoriosos en los umbrales de la estación del mal tiempo, vinieron a interponerse ante la victoria, como treguas obligatorias, el otoño, el invierno y la primavera... Pero si, en vez de fijarnos exclusivamente en lo que viene después de Lepanto, paramos la atención en lo que precede a esta victoria, nos daremos cuenta de que viene a poner fin a un estado de cosas lamentable, a un verdadero complejo de inferioridad por parte de la Cristiandad y una primacía no menos verdadera por parte de los turcos. La victoria cristiana cerró el paso a un porvenir que se anunciaba muy próximo y muy sombrío. (Braudel)

Expansión turca en el Mediterráneo:

La conquista de Trípoli(1551):
que constituía una cabeza de puente fundamental en el Mediterráneo occidental y potenciaba la acción de los berberiscos. La acción agresiva de dichos núcleos islámicos tuvo un primer momento delicado a principios del reinado de Felipe II, al amenazar a territorios concretos de la monarquía hispana.
Asedio de Ciudadela (Menorca, 1558):
por los berberiscos. La situación de Menorca llegó a ser tan precaria que se pensó seriamente en despoblarla y abandonarla. Los ataques islámicos tuvieron un hito culminante en el Mediterráneo occidental al intentar los turcos conseguir una plataforma insular de gran importancia estratégica: Malta.
Asedio turco a la isla de Malta (1565):
que resistió heroicamente. A la presión berberisca en el Mediterráneo occidental se unió la actividad turca que intentaba liquidar los núcleos de intereses que aún conservaban los genoveses y los venecianos. El sistema colonial veneciano sufre una quiebra fundamental. Solimán intentó el desquite de su fracaso invadiendo Hungría pero murió en su campamento de Szigeth (1556). El virrey de Argel, Aluch Alí (Euldj Alí), atacó a Túnez aprovechando las discordias entre los hijos de Muley Hacén, el vasallo de Carlos V, y se apoderó de la ciudad (1570).
Conquista de Chipre (1571):
Selim II envía una flota turca de 250 galeras y 50.000 soldados, mandada por el almirante Piali. La conquista perjudicó gravemente al mecanismo de sostenimiento del comercio internacional de Venecia.
Conquista de Túnez (1574):
Túnez es ocupada por la escuadra otomana, con lo que conseguían una cabeza de puente clave en el norte de Africa.

Petición de los procuradores al rey Felipe II (1560):
Otro sí, decimos que aunque S.M. ha tenido relación de los daños que los turcos y moros han hecho y hacen andando en corso con tantas vandas de galeras y galeotas por el mar Mediterráneo, pero no ha sido V.M. informado tan particularmente de lo que en esto pasa, porque según es grande y lastimero negocio, no es de creer sin que si V.M. lo supiese, lo habría mandado a remediar: porque siendo como era la mayor contratación del mundo la del mar Mediterráneo, que por él se contrataba lo de Flandes y Francia con Italia y venecianos, sicilianos, napolitanos, y con toda Grecia, y aun Constantinopla, y la Morea y toda Turquía, y todos ellos con España, y España con todos; todo esto ha cesado, porque andan tan señores de la mar los dichos turcos y moros corsarios, que no pasa navío de Levante que no caiga en sus manos, y son tan grandes las presas que han hecho, así de christianos cautivos como de haciendas y mercancías, que es sin comparación y número la riqueza que los dichos turcos y moros han avido, y la gran destruición y assolación que han hecho en la costa de España: porque desde Perpiñán a la costa de Portugal, las tierras marítimas se están incultas, bravas y por labrar y cultivar; porque a cuatro o cinco leguas del agua no osan las gentes estar: y así se han perdido y pierden las heredades que solían labrarse en las dichas tierras.
Cortes de Toledo de 1560. Petición de los procuradores al rey Felipe II

• La Armada Invencible (1588)