Hijo del Rey Don Juan Carlos de Borbón y Doña Sofia de Grecia, nació en la Clínica Nuestra Señora del Loreto de Madrid el 30 de enero de 1968. En su bautizo recibió los nombres de Felipe (por tradición de la dinastía borbónica), Juan (como su padre el Rey de España), Pablo (al igual que su abuelo materno, el Rey de Grecia), y Alfonso de Todos los Santos, en honor a su bisabuelo, el Rey de España Alfonso XIII. La celebración de su bautizo en el Palacio de la Zarzuela permitió la venida temporal a España de su bisabuela la ex-Reina Victoria Eugenia de Battemberg, que actuó como madrina y de su abuelo paterno, Don Juan de Borbón, ambos poco partidarios del régimen franquista. El Príncipe Felipe recibió el sacramento en la misma pila bautismal que utilizara en el siglo XII Santo Domingo de Guzmán y que