La victoria de 1212 en las Navas de Tolosa modificó definitivamente el equilibrio militar entre musulmanes y cristianos. Se inicia, así, una rápida reconquista por parte de Castilla. Pero la verdadera ofensiva militar comenzó con Fernando III el Santo (1217-1252) tras la unión definitiva de Castilla y León en 1230. En 1236 se ocupa Córdoba, en 1246 Jaén y en 1248 Sevilla. A Fernando III le sucede Alfonso X el Sabio que finaliza la conquista del valle de Guadalquivir conquistando en 1262 Cádiz y Niebla. Alfonso X el Sabio puso en marcha un plan de colonización del valle del Guadalquivir, en el que el protagonismo lo tenían las órdenes militares (Santiago, Calatrava, Medina Sidonia, etc.), ante la resistencia del reino de Granada, y en el que también se potencian los concejos, tratando de expulsar a la población musulmana. También recibió grandes extensiones la diócesis de Toledo. Alfonso X el Sabio creó la Escuela de traductores en Toledo que era el centro cultural más importante de la cristiandad. Promulgó un código jurídico, las Partidas, a raíz del cual se amurallan las ciudades.
En 1243 el monarca murciano Ibn Hud se declaró vasallo de Fernando III, con lo que este territorio entró a formar parte de la Corona de Castilla. Los musulmanes de esta taifa fueron mejor tratados, hasta que tras la rebelión de 1244 fueron expulsados. La llegada de los colonizadores castellanos produjo resistencias entre la población mudéjar. Forzó un primer repartimiento en 1257. En 1264 se produjo la primera rebelión mudéjar, pero no la última.
La corona de Aragón tendrá su proceso reconquistador. Jaime I el Conquistador (1213-1276) es su mayor impulsor. Entre 1229 y 1235 se conquistan las Baleares y en 1238 Valencia, con lo que prácticamente terminaría su expansión en la península. Ambos reinos se convertirían en grandes centros comerciales. Pedro III el Grande (1276-1285) conquistará Sicilia en 1282. La expansión por el Mediterráneo continuaría durante todo el siglo XIV. Por su parte, Portugal conquistó el Algarve y Faro, en 1249 con Alfonso III.
Hacia 1300 la Reconquista está casi terminada. Aragón y Portugal han alcanzado los límites establecidos en los tratados de Tudillén (1152) y Cazorla (1179) y a Castilla sólo le queda por conquistar Granada.
El reino de Granada y la dinastía nazarí tiene su origen en la figura de Muhamad ibn Yusuf ibn Nasrí, de origen árabe, que se proclamó Sultán en 1232. Fue reconocido como Sultán por las oligarquías de Guadix, Baza, Jaén, Málaga y Almería. En 1234 se declaró vasallo de Córdoba, pero en 1236 Fernando III conquistó Córdoba y Muhamad ibn Yusuf ibn Nasrí se hizo con el poder en Granada. Para ello Muhamad I se enfeudó con Fernando III, en 1236, lo que le garantizaba su independencia. Pero en 1246 Fernando III, para consolidar sus conquistas en el valle de Guadalquivir, conquista Jaén. Muhamad I debe pagar parias, para conseguir paces de 20 años, y reconocer a Fernando III como señor, y así conservar su reino. El reino sobreviviría precariamente, aunque perdiendo territorios, hasta 1492. La monarquía se mantuvo gracias a las concesiones a los cristianos, a la necesidad de estos de consolidar sus conquistas, y a los pactos con los benimerines del Magreb; ya que apelarán a la solidaridad islámica.
La difícil situación de Granada se mantuvo gracias a la habilidad política de sus reyes, desde Muhamad I (1237-1273) hasta Boabdil (1482-1483 y 1486-1492). Los reinados más esplendorosos fueron los de Yusuf I (1333-1354) y Muhamad V (1345-1359). En los que la cultura alcanzaría sus cotas más altas. A partir de estos reyes las luchas dinásticas serían la tónica general del reino. Las disputas hereditarias hacían que la permanencia del reino de Granada dependiera de la voluntad de los reyes de Castilla, y las relaciones de equilibrio con los reyes de Aragón. Granada fue perdiendo territorio paulatinamente. Cuando en 1479 se unan definitivamente las coronas de Castilla y Aragón, y el ideal humanista de la república cristiana y de la recuperación de España se imponga en la península, los días del reino de Granada estarán contados. La conquista de Granada, con Fernando V e Isabel I al frente, comenzó en 1482 y no terminó hasta 1492 debido a las difíciles condiciones geográficas. Fue el fin de la presencia musulmana en la península.
La casa de Trastamara entronizará con la dinastía de la corona de Aragón a partir de 1412 con la elección del infante don Fernando como rey de Aragón, en el Compromiso de Caspe. Los Trastamara de ambos reinos pretendieron, desde el principio, unificar los dos reinos bajo la misma familia, por lo que iniciaron una política matrimonial tendente a ello.
Isabel de Castilla es nombrada heredera al trono de su reino en 1468; cuando muera su hermanastro Enrique IV. Fernando de Aragón era el heredero de la Corona de Aragón. En 1469 se casan en Valladolid. En 1474 muere Enrique IV, e Isabel se convierte en reina de Castilla (Isabel I). Ambos esposos se convierten en reyes de Castilla, Fernando reinará como Fernando V y se repartirán las competencias es mismo año, en la Concordia de Segovia. En ella que se establece que todas las decisiones se toman en nombre de ambos cónyuges; aunque la guerra civil contra Isabel I incrementó el poder de Fernando V. En 1479 Fernando hereda la corona de Aragón, con lo que se unen al fin las dos coronas en una misma familia y con un solo heredero. Los reyes inician una intensa labor legislativa, invaden Granada en 1492, y se lanzan a la exploración del mundo, con la conquista definitiva de las Canarias en 1496 y el descubrimiento de América de la mano de Colón en 1492.
Se pretende la unificación religiosa del reino: con la expulsión de los judíos en 1492, y se obligó a la conversión a los moriscos, en 1502. La labor diplomática de Fernando V consigue que el papa Alejandro VI les conceda el título de Reyes Católicos, en 1494. Durante el reinado de los Reyes Católicos se creó la Santa Hermandad (en 1476) que tenía jurisdicción en todo el territorio, y se introdujo la Inquisición en 1478, que permitía aplicar la legislación eclesiástica a todo el Reino; y en todos los reinos, aunque la ejecución correspondía al poder civil.
La Inquisición en sí no se constituyó hasta 1231 por el papa Gregorio IX. El cargo de inquisidor fue confiado casi en exclusiva a los franciscanos y dominicos, nombrados directamente por el Papa.
Los acusados estaban obligados bajo juramento a responder de todos los cargos que existían contra ellos, convirtiéndose así en sus propios acusadores. El testimonio de dos testigos se consideraba prueba de culpabilidad; en 1252 el Papa autorizó la práctica del tormento para extraer la verdad de los sospechosos. Si el hereje se presentaba voluntariamente se le imponían penas menores. El tormento era práctica habitual, y se consideraba como la prueba definitiva. En la práctica, era una prueba obligatoria para todos los procesados, tanto por la Inquisición como por el poder civil.
Los castigos y sentencias se pronunciaban en una ceremonia pública al final del proceso (auto de fe). Los castigos podían consistir en una peregrinación, un suplicio público, una multa, la confiscación de propiedades, encarcelamiento, prisión perpetua o muerte en la hoguera.
En 1542, alarmado por la difusión del protestantismo, el papa Pablo III estableció en Roma la Inquisición romana y el Santo Oficio. Más libre del control episcopal que su predecesora, se preocupó de la ortodoxia que aparecía en los escritos de teólogos y eclesiásticos.
El papa Pablo IV emprendió en 1555 una persecución de sospechosos, incluidos obispos y cardenales, y elaboró en 1559 la primera lista de libros que atentaban contra la fe o la moral: el Índice de libros prohibidos.
La Inquisición española se fundó en 1478 a propuesta de los Reyes Católicos. La Inquisición española se convirtió en un instrumento en manos del Estado más que de la Iglesia, ya que persiguió más a la nobleza rebelde que de los herejes. Fue suprimida en España en 1843.
Durante los siglos XIV y XV las persecuciones no se dirigían contra los musulmanes, sino contra los judíos. Hay que tener en cuenta que el reino de Granada no se conquista hasta 1492, y las comunidades musulmanas tienen mucha influencia en los reinos cristianos. El problema comienza tras la caída de Granada.
Con los mudéjares hubo conflictos desde 1499. Tras la rebelión del Albaicín, los musulmanes fueron expulsados de la ciudad y se marcharon al exilio o se asentaron en las Alpujarras. Tras la Pragmática de Conversión Forzosa, surgió la rebelión de las Alpujarras (1502). Pero los verdaderos conflictos con los moriscos se tuvieron lugar en el siglo XVI, porque como sus formas de vida rurales continuaban siendo tradicionales, los cristianos viejos dudaban de su conversión. La rebelión más importante de moriscos se produjo en las Alpujarras, entre 1568 y 1569, por los decretos que limitaban el derecho de propiedad a los moriscos. Finalmente el duque de Lerma, valido de Felipe III, promulga el Decreto de Expulsión. Los moriscos comienzan a salir de España el 22 de septiembre de 1609.
En la Corona de Aragón los moriscos constituían un porcentaje apreciable de la población total. Su expulsión supuso una disminución importante de la población activa, y de la mano de obra especializada en esos reinos, generando, al principio, reacciones contrarias a la expulsión.
En Valencia, donde los moriscos eran muy abundantes, controlaban la actividad agraria de las comarcas de secano y de algunos regadíos, como los de Játiva y Gandía. Se produjeron protestas por el desabastecimiento de los mercados y la merma considerable en los cultivos. En Murcia se rechazó la medida por la especial dedicación de los moriscos a la agricultura y al cuidado de los gusanos de seda. En Aragón se perdió la mano de obra campesina de las tierras más fértiles y el artesanado especializado de importantes gremios. En Castilla, por su parte, se resintió el transporte de los arrieros (oficio tradicional de los moriscos), así como el trabajo agrícola en huertas y vegas. A pesar de las protestas la expulsión se cumplió, con graves consecuencias para la economía y la población.
Los primeros moriscos en salir de la península fueron los del reino de Valencia. Inmediatamente después del bando dictado por el virrey marqués de Caracena, el 22 de septiembre de 1609, fueron conminados a abandonar sus hogares; tan sólo podían quedarse los niños menores de cuatro años, con consentimiento de sus padres, para que fueran criados en hogares de cristianos viejos. Únicamente podían llevar lo que pudieran transportar consigo. Hubieron de reunirse en los puertos de embarque: Vinaroz, El Grao de Valencia, Denia y Alicante. De allí partieron hacia Orán, en la costa de Berbería, hacinados en galeras especialmente aprestadas al efecto. Si la mayoría acató resignadamente la orden de extradición, algunos grupos de moriscos de las serranías de Alicante y de los valles interiores de Valencia se alzaron infructuosamente en armas. Una vez sofocada la rebelión, los insurrectos serían expulsados.
Una cédula real del 28 de diciembre de 1609 decretó la partida de los moriscos de Castilla. Estos se embarcaron en su mayoría en el puerto de Cartagena, salvo los que marcharon a Francia cruzando la frontera de Irún. En Andalucía y Murcia ordenó la expulsión el marqués de San Germán, el 12 de enero de 1610. Algunos de los moriscos andaluces habían abandonado sus tierras antes de que se publicase el bando real, pero el resto lo hizo de forma paulatina. Por su parte, algunos moriscos murcianos trataron en un primer momento de evitar su marcha, refugiándose en el reino de Valencia, pero cuando volvieron tuvieron que marcharse.
Finalmente el virrey de Aytona fue el encargado de ejecutar el edicto expulsión en Aragón, que fue publicado el 29 de mayo de 1610, que también afectaba a los que residían en Cataluña. La mayoría salió por el puerto de Tarragona, aunque hubo dos nutridos grupos que lo hicieron atravesando los Pirineos desde Navarra y por el paso de Canfranc en Huesca.