La diferencia entre ciudad y villa es propia del Antiguo Régimen, y más bien de la Edad Media que de la Edad Moderna. En aquella época toda fundación de una nueva «ciudad» era prerrogativa del rey y se formalizaba en la concesión (o reconocimiento) de un fuero, donde se especificaban los privilegios, costumbres, decisiones judiciales, disposiciones reales, relaciones con el rey y se crea el concejo de la ciudad. Teóricamente, el fuero de las ciudades gozaba de mayores preeminencias que el de las villas. Aunque las villas tienen algunos privilegios (jurisdicción penal y civil y derecho a poner una picota) con que se distinguen de las aldeas y lugares. En el fondo fue una cuestión de tamaño y tradición en la denominación, ya que siempre hubo mucha confusión.
A Madrid le concedió el fuero Alfonso VIII, en 1202. El fuero de Madrid tiene un acentuado carácter administrativo, penal y procesal. Los ayuntamientos en Madrid aparecen con Alfonso XI, que instauró una corporación de doce regidores, y se celebraron Cortes en la iglesia de San Martín y la de en San Jerónimo. Madrid fue residencia habitual de Juan II y Enrique IV, quien le dio el grado de «muy Noble y muy Leal».
Con la aparición de los estados nacionales y las monarquías absolutas esas diferencias jurídicas desaparecen, porque que las leyes se extienden a todo el territorio. No habrá, pues, ciudades o villas privilegiadas, aunque el fuerte carácter conservador de la época permita el mantenimiento, desvirtuado, del fuero.
Felipe II eligió a Madrid como capital de España en el año 1561, con lo que se convirtió en villa y corte. No se quiso modificar el fuero, que a estas alturas carecía de legitimidad, y en ella se instalaba permanentemente la corte. Desde entonces sus funciones urbanas son indudables, y los privilegios, y obligaciones, que tiene por ser corte son, en la práctica, mayores que las de cualquier ciudad. En 1625 Madrid se circunda con una verja fiscal, que delimita el espacio urbano. Los habitantes de su interior pagan unos impuestos diferentes a los que se asientan fuera. Además, los vecinos de Madrid deben prestar alojamiento a las tropas del ejército, ya que en aquella época no había cuarteles. Esto explica que las casas madrileñas se construyesen «a la malicia», es decir, con menos de dos pisos ya que estos estaban exentos de alojar soldados.
En el Antiguo Régimen lo esencial era que ciudades y villas constituían términos municipales independientes, pero no había diferencias en sus derechos y obligaciones. La ley Municipal de 2 de octubre de 1877 no distinguía entre ciudades y villas y el Estatuto Municipal de 8 de marzo de 1924 sólo habla de municipios.
Resumiendo, las denominaciones de ciudad, villa, pueblo, aldea, lugar, etc., responden a diferencias de fueros del Antiguo Régimen, totalmente obsoletas desde el siglo XV, hasta el punto de que nadie puede reclamar nada reivindicando esos privilegios. Las denominaciones han quedado como un título honorífico.
En la actualidad, la Constitución, en su artículo 137, dice «El Estado se organiza territorialmente en municipios, en provincias y en las comunidades autónomas que se constituyan. Todas estas entidades gozan de autonomía para la gestión de sus respectivos intereses». Lo que quiere decir que en España sólo se reconocen jurídicamente los municipios sin distinción entre ciudad, villa, pueblo, etc.
Dependiendo de su población, los municipios tienen unas atribuciones: impositivas, número de concejales, alcaldes a tiempo completo, obligación de prestar determinados servicios, etc. El carácter, organización, competencias, etc., de los municipios están recogidos en la Ley de Bases del Régimen Local (2 de abril de 1985). Allí se establecen los servicios que debe prestar todo municipio, los municipios de más de 5.000 habitantes, los de más de 20.000 y los de más de 50.000.
Los alcaldes de Madrid y Barcelona tienen tratamiento de Excelencia, los de las demás capitales de provincia de Ilustrísima y el resto de Señoría.
Así que, teniendo en cuenta todo esto, se puede decir que Madrid, hoy en día, continúa teniendo el título honorífico de villa, aunque nadie duda de que, desde el punto de vista geográfico, es una ciudad.