El tema por el que me preguntas es muy complejo, de hecho yo no creo que existan naciones ni pueblos, más allá de lo que se decide por ley. No creo que se pueda dar una definición de nación que sea universalmente válida e irrefutable, con la que se pueda, sin lugar a dudas, delimitar perfectamente cuáles son las naciones y los pueblos realmente existentes. Al final todo se reduce a que un Estado controla un territorio y lo llama nación e incluye en ella a todos los que allí viven.
En resumen el nacionalismo, a pesar de que se emplea para movilizar al pueblo, no es la fuerza que finalmente consigue formar Estados estables. Todos los países del mundo (salvo excepciones discutibles) encuadran en sus fronteras varias naciones, culturas, pueblos, etc., porque lo importante no es el «espíritu de los pueblos» sino crear un mercado amplio (nacional) en los que las reglas de compraventa sean las mismas para todos. De hecho el tamaño final de los países y sus divisiones (provincias) tiene que ver con la tecnología del transporte de la época, y con la posibilidad de un gobierno de hacer cumplir la leyes gracias a una policía y un ejército.
La diversidad cultural, geográfica e histórica no es un obstáculo, es una ventaja, ya que implica diversidad de productos que se pueden poner en el mercado. En España (que es de donde yo soy) cuando se hizo la división provincial (en 1833 y que dura hasta la actualidad) se hicieron pensando en que todas ellas tuvieran montaña, rivera y llanura; y las de la costa mar. De esta manera la llanura se dedicaba a los productos agrícolas (cereales de secano), la rivera a los productos de huerta, y la montaña a los productos ganaderos. La capital será el mercado en el que se encuentren todos, y, por consiguiente, donde se encuentran las delegaciones de la Administración, garantes de la ley.
El caso de Colombia no lo conozco mucho, pero no ha debido ser muy diferente. Particularmente Colombia, que tiene costa en el Atlántico y costa en el Pacífico, selva y montaña, su diversidad es extraordinaria, y su posibilidad de recursos también, tuvo la posibilidad de convertirse en uno de los nudos del mundo. Al final la segregación de Panamá lo frustraría. El hecho de que no cuajase el proyecto de Bolívar de la Gran Colombia, se debe, precisamente, a su gran tamaño, que era muy bueno para crear un gran mercado «nacional», pero que era imposible de controlar (con los medios de entonces) por un gobierno centralizado.
En todos los países del mundo las tensiones separatistas se han resulto del mismo modo (al margen del radicalismo), en todos los grupos que se sienten diferenciados hay una burguesía cuyos intereses están vinculados al mantenimiento del Estado actual. Cuando existe un grupo (por ejemplo de indígenas) que no tiene una burguesía homologable a la del resto del país se generan problemas. Y también cuando los intereses de la burguesía no son suficientemente comunes.
Colombia tiene problemas que no están relacionados con la diversidad nacional. El narcotráfico y el terrorismo dificultan que el Estado controle todo el país, impidiendo que se instale el imperio de la ley que es el garante de los derechos y la condición previa para el desarrollo. El hecho de que determinados grupos terroristas controlen territorio es un lastre que debe desaparecer. Luego hay que empezar desde abajo, creando una circuito de producción y venta dentro del país, para cubrir la demanda de las necesidades de los colombianos, y al fin la exportación.