La historia, comienza como con la verdadera Biblia antigua, en la que se dice que Dios creo al universo, en nuestro sistema solar, en el que se encuentra la tierra, y para ver lo que había creado, Dios creo a Adam y Lilith, con el tiempo, ellos fueron demostrando que no se llevaban muy bien, siempre se estaban peleando por cualquier cosa, Dios se dio cuenta de eso y decidió expulsar a Lilith del paraíso encerrándola en una isla solitaria, lejos de todo, entonces Dios creo a Eva y se dio cuenta de que ellos se llevaban mejor, pero hacia falta algo, asi que Dios les puso una prueba (la manzana prohibida), pero ellos fallaron, Dios se sintió terrible, y los expulso del paraíso. Con el paso del tiempo Adam se sintió culpable por el encarcelamiento de Lilith en aquella isla, y decidió ir a buscarla, entonces el se estrello en la Tierra y ocasiono el Primer Impacto (esto en la era de los dinosaurios). Paso el tiempo, y en la Tierra ya existía la humanidad, y se encontraron los Manuscritos del Mar Muerto, supieron toda la historia sobre Lilith y Adam, entonces fueron a buscarla, y la capturaron, mas tarde irían por Adam, que se encontraba en el Polo Norte dormido.

Pero el hombre no solo quería capturarlo, si no manipularlo e incluso devolverlo a su estado embrionario, así la raza humana podría forjar su propio destino, Dios se dio cuenta de eso y no le gusto para nada, así que los castigo haciendo enfurecer a Adam, el cual expulso todo su coraje y energía sobre la tierra ocasionando el Segundo Impacto.

Dios se dio cuenta de que el hombre no tenia ninguna intención de cambiar, así que decidió enviarles otro castigo, decidió abrir la puerta de Gauf (se dice que la habitación de Gauf es donde residen todas las almas, y cuando un niño nace, se abre la puerta dejando salir un alma para que ocupe el cuerpo del niño), esto quiere decir, que todos los niños nacidos después de esto, no tendrían alma, los principales en la serie son Shinji, Rei y Asuka, y ellos nacieron después de esa fecha así que no tienen alma, a ecepcion de Rei, ya que se fabrico un alma artificial, la cual fue incrustada en el cuerpo de Rei, que es el único cuerpo con alma de 14 años.

Dios estaba muy molesto, y decidió mandar a su ejercito de Ángeles, el primer ángel considerado fue Adam, y el segundo Lilith, y como el hombre fue una creación de Dios, los evangelion fueron una creación del hombre, y estos se utilizaban para combatir contra los Ángeles de Dios, los evangelions son creación de Nerv una compañía en la que trabaja Gendou (papa e Shinji), y su lema de Nerv es " Mientras Dios se quede en su cielo, todo estará bien con la Tierra" Dios fue enviando uno a uno a los hijos de Adam (Los Ángeles) ya que el contacto con el padre y el hijo, desatarían el tercer impacto, y para esto existía Nerv, para evitar el tercer impacto. Pero los Ángeles, no sabían que Adam no se encontraba abajo de Nerv si no la que estaba ahí era Lilith, un ejemplo bien claro, es cuando el ultimo Angel (Kaworu) logra llegar hasta abajo, acompañado del Eva 02 manipulado por el, ahí se da cuenta de que no es Adam el que esta ahí si no Lilith, entonces decide rendirse y dar paso a los humanos a su suerte.

Mas tarde Seele se da cuenta de que Gendou tiene otras intenciones, el quiere estar otra vez con su amada Yui, que había muerto, Gendou quiere hacerse un Dios junto con Yui, y Gendou se inserto a Adam embrión en la mano derecha, y Seele decide arrebatarle el control mediante la fuerza, primero atacando a Magie, después atacando a Nerv con infantería y después a los evas con mas evas. Gendou insiste en continuar con su plan de complementación humana, que se trataba de unir su mano con adam al alma de Rei (esto sin campo AT) una vez unidos Rei volvería a Lilith (Ya que Rei es clon de Yui y Lilith) y esta Lilith/Rei gigante se uniría con el Eva-01 y eso ocasionaría el tercer impacto , pero las cosas le salieron al revés a Gendou, el quiso unirse con el cuerpo de Rei, pero cuando metió la mano en su pecho de ella, esta se quedo con la mano y el embrión de Adam, así pudo unirse a Lilith y esta fusión se unifico con el Eva 01, así paso a ser el alma de yui (residente en el Eva-01) un nuevo Dios (no físico) , Shinji queda como el elegido para decir el destino de la raza humana, es decir si llevar a cabo el "PROYECTO DE COMPLEMENTACIÓN HUMANA" o si se volvería a empezar.

Después de todo eso, casi al final, Yui la madre de Shinji, le dice que haga lo que haga estará bien, y que ella estaría ahí junto a el, que permanecería como un Dios dentro del Eva 01, que aunque desapareciera el sol la tierra y todo ella estaría ahi con el. Entonces Lilith (la Rei gigante) decide darles otra oportunidad, sacrificándose para liberar las almas, las cuales decidirían si quedarse ahi flotando en la nada, o juntas regresar a la habitación de Gauf, de donde serían llamadas y devueltas a la Tierra.

Después llega el final, donde se ven Asuka, Shinji y el fantasma de Rei rondando por ahí, muchos decían y pensaban (incluso yo ) que Asuka era Lilith, y Shinji era Adam, y muchos lo decían por que cuando Asuka ataca a las fuerzas de la OTAN, Seele dice: "Eva nos vuelve a dar problemas", y no se refieren a Asuka, sino al Evangelion, así que el Autor de Evangelion, tubo que dar una conferencia para aclarar ese mal entendido aprovechando la ocasión para aclarar pequeñas dudas de el publico. Al final Shinji es Adam, Asuka es Lilith y Rei es Eva... Así que Shinji y Asuka se llevan mal, igual que Adam y Lilith; y en cambio Shinji y Rei se amaban, aunque nunca se lo dijeron ( Rei lo dice en "The end of Evangelion"). Entonces Shinji tiene que matar y expulsar a Asuka del "paraíso" para que pueda entrar Rei, que espera la expulsión de Lilith. Así que Shinji intenta matarla, pero Asuka reacciona de una manera tan fría que lo hace reflexionar.